先在家中2楼，搜查电脑，从中取出伤菜，然后调整时间。接着妈妈会要你去跟邻居打招呼。去旁边一家找副主角，对话后去村北，一个小儿告诉你会村北却有骚动。去了之后发现博士被追， 接着拿背包里的任何一只怪兽来对付皮皮犬。
打赢后博士跟你回实验室，为了感谢你就送你刚刚战斗的那只怪兽当谢礼。然后一路向北到道吉镇，在一路向北去103道路。副主角在那，拿着属性克你的那只神奇宝贝（一直都这样）等着你，上前对话后就开始打。打完后回到研究所，博士就给你图鉴，而副主角给你宝贝球。经过家门口母亲会给你跑步鞋，按着B能加速。再来就能自由捕捉怪兽了。
然后去道吉镇，左拐穿过许多草丛，打败许多对手 来到天元市，进道馆与老爹说话，然后是一段剧情，之后继续向左进森林，
到了森林里后向北走，会发现一个人（金水市天力公司的社员）在找香菇型的神奇宝贝。接着邪恶团（红宝是熔岩团）会登场，跟他打打完，刚刚天力公司的社员会给一颗超级球，再来会突然跑掉。继续向北就能出森林，走过桥后就到了金水市，和每个房子里的所有人说话，会得到很多东西，其中在之一个道馆主家中会得到秘传技居合斩，正常系，威力50，无特效，但可用来砍树，但必须打败岩石系道馆馆主。然后就可以进之一家道馆（岩石系）打败馆主，出来后会看到熔岩团的人被追。往北后又碰到那个天力公司的社员，说：熔岩团偷东西后跑道洞窟里了....。再往右边走就能找洞窟了。
追到山洞后，会看到有个老头（吉野老人）在那说他的神奇宝贝海鸥小p被抓了。进山洞能看到熔岩团抓着小p（沙鸥）。讲话后开打，他输了后把小p丢了然后把偷的东西给主角后就逃了。然后吉野老人进来感谢，这之后就能去坐他的船了。然后回金水市帮他们做点事....送信。并给个"口袋领航员"，再来就多了个口袋领航员选项。说明：能看地图，神奇宝贝的隐藏数值（帅劲度...美丽度...之类），还有对手纪录档。
再来城南方会看到副主角，他会说刚刚森林里有看到个老头（吉野老人）带着一只神奇宝贝过去（小P）。到森林入口处（靠近天元市）附近的港口，进屋，和吉野老人对话，他会把你送到山木镇。到了之后一路向北，再向左走，就会看到一个山洞，进去，和山男对话，他会给你秘传技闪光术，正常系，威力0，能使对手命中率下降，在山洞深处可用来照明，但必须打败格斗系道馆馆主。然后进入山洞深处，沿通路走（有个地方必须用自行车上去，可暂时不管），就会走出来，当可以看见那个山男时，一直向左，就会发现又有一个山洞入口，进去，就能找到收信人代后，他送你几样东西后会离开。然后出去，可直接从右边两道栅栏处跳下去，跑出山洞，回到山木市。这时可以打格斗系道馆。
再就可以做吉野老人的船去卡依市。到岸后有个房子，打败里面所有人后找店长，会送你好喝的苏打（给怪兽补60滴血，战斗中使用）。以后随时能找他买好喝的苏打了。
然后向北到卡依市， 去市场右边的船工厂进去后和一个看地图的老伯伯聊天（更好和所有人说话），然后去工厂上的博物馆，会发现原来排队的熔岩团不见了。进去后说要付50元入场券。进去后之一个熔岩团的（会发现他就是先前被主角两次击败的）会给技能机46（小偷）然后就跑了。到二楼后，一聊天就有熔岩团跑上来抢东西。当然就开打啦，打完后全部的熔岩团会随着老大一起逃走。 然后离开城市向北走到头，再来往右走会遇到副主角，然后又开打。打完后， 继续前进就能到银叶市了。到了之后和所有房子里的人说话，其中有一个会给你秘传技碎岩术，格斗系，威力20，，一定几率能使对手命中率下降，可以用来打破路上的某些球状岩石，但必须打败电系道馆馆主。在道馆面前看到之前教他抓神奇宝贝的男孩。聊天后他决定跟主角战斗。他再来就决定继续训练而走了。宝贝中心右边则是脚踏车店，老板就给你脚踏车了。脚踏车有两种，跟老板讲话就能换。
1.跳跃车，轻但不快，按B能把头拉起来跳石阶（中后期山坡才有）转弯瞬间按B能弹起。
2.神速车，起步慢但很快，只要不停不撞到，速度就能超快，但起步跟走路差不多。
打电系道场时，建议用地面系。打完后可以到银叶市左边去看看，一路向左就会发现西达镇，上方有个山洞，进去会发现路中央有两块岩石，两边站着一个女的，和一个格斗高手。用碎岩术打破岩石，那个格斗高手就会给你秘传及怪力术。继续向左，就会回到金水市。
出洞口后，又看到那个神奇宝贝用具研究中心（给口袋领航员的公司）的人。他会给你利比道球（适用于抓已经抓过的怪兽）
回他们公司找老板，能拿到学习装置。
回银叶市后往北。会看到一栋房子门口站了个人，跟他讲话后开始四连战。打完后进去聊天能拿到石膏脚（速度下降但其他变强）。更上去有电视台的记者，打完后就能上电视了。
跟112道路的交界点，因为更北沙尘太大，只能转向112道路。112道路到山上后，会看到熔岩团的人，他们挡住了路，所以只能走旁边的山洞（这是一座火山，所以洞内怪兽大多为火系）。过山洞后不远的地方有个小屋，能恢复怪兽体力（相当于怪兽中心）。
向左到了113道路后会开始下雪（其实是火山灰）。继续向左走有个玻璃工房，他会请你帮他装个东西回来。继续向左就会来到哈吉镇，会发现该镇怪兽中心有个女的在修电脑，和她对话，发现她叫真由美。 左边出去后有栋房子，里面能拿到技能28（造穴，可以当穿洞绳用）。更左边带着狗的人会给技能机05（吠叫）。再来往下过桥后就能看到真由美的家。进去后讲话能拿到玩偶。然后可以看看她的笔记和信（然后所有怪兽中心电脑名“别人的电脑”会改成“真由美的电脑”）。继续往下，接着走上山坡，沿通路走，就会来到山洞。洞里会看到熔岩团的在里面挖掘，一接近，结果水战团的跑来闹场，熔岩团的就跑光了。讲完话后水团的也走了，继续前进。搜查山洞可以拿到月之石（能使胖丁 、小松鼠等怪兽进化）。出动后左边是沙滩。如果继续往下跑就是金水市。
然后经过右边的山洞到西达镇，再回到银叶市，向北到达那个山洞口，然后就可以进山洞口右边那个房子坐缆车到山顶，结果发现熔岩团与水战团大战一场。从左上方的道路绕上去，干掉剩下几个熔岩团（只需小心头目的三只怪兽黑毛犬 、大嘴蝠 、巴库兽），就能取下陨石。然后就可以下山，穿过下山地带“凸凹岛”就能到飞音镇，打败火系道馆，出来后，副主角会送你“高高库鲁”，这之后你就能去沙漠了。
然后回到天元市，打败正常系道馆（馆主是老爹），然后到道馆附近的房子中拿到冲浪术。之后到银叶市往东走，过河，之后向北，穿过一片灌木丛（丛中不能骑车，只能走），到119号道路最北的一间房子（气象中心）打倒熔岩军团。出来后向东，又要和副主角大战一场。之后副主角会给你秘传及飞空术。接着向北到下一个城市日川市。接着往120号道路走。遇见第二主角，打赢得飞天。再往下走，遇到代后拿到贵重道具（某种透视镜）。
回城市打道馆，得到徽章，就可以使用飞天，直接飞到已经去过的城市。
接着到121号道路，一路南下再一路向东，中途会发现熔岩团说“走，去日落山”，这旁边就是沙湖乐园。不理他们，先去东边的阿田市歇歇脚。在购物中心门口会发现副主角，与之大战一场，就能进去了（这也是最后一次与副主角的对决），在里面可以买到许多东西。
然后回到沙湖乐园，南下，冲浪，发现一座山（日落山），找入口进去，先向上走几步，然后向左走出去，就可以上山了。雾越来越浓，接着就与几个熔岩团大战一场，上前，熔岩头目逃跑，有个老太会给你红色玉石。接着飞空去卡依市码头，跟记者进去，发现熔岩团把潜艇劫走。
回到阿田，右上方有个小山洞进去打败所有敌人，头目逃跑。
此时就可以继续往东走124，125号水路到道谷市进入打倒双胞胎馆主（超能系）。此市的西北屋内（代后的房屋）可以拿潜水术。
接着到127号，128号水路，看到深水区就潜下去。其中一个可以到双鹿市（岛上城市），还不能打馆主。
在这附近海域另一个深水区可潜水的地方，里面没有水草，可以发现熔岩军团潜逃之处，是一艘船，上去后来到一个洞穴，打败里面所有敌人，进到最深处就会发现头目，打败头目，就会发现标题上的那个神兽（古拉顿）。 然后是剧情（代后和水战团头目头目都来了）
剧情后方圆大部分地区阳光异常强烈，如果碰到野怪就会显示“阳光强”，立刻飞到双鹿市，找到代后，跟代后来到觉醒寺（山洞），洞窟里面可拿到秘传及登瀑术，在洞窟最深处收服古拉顿。之后就可以打最后一个水系的馆主。
之后延128号往东走爬瀑布到达山优市。进入冠军之路。通过后最后的挑战赛就在眼前了。
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