神奇宝贝
皮卡丘 － 小智最初的伙伴，具有顽强的性格，不愿意进入神奇宝贝球也不愿进化，起初与小智并不友好，在与烈雀的战斗中和小智建立了坚不可摧的友情。在皮卡丘离开小智的时候，它就负责起照看其他神奇宝贝的任务。除了小智一行人的神奇宝贝外，最要好的朋友就是一对皮丘。最初在EP001中出现。绝招：电击 、十万伏特 、打雷 、电光一闪 、铁尾 、高速移动，高压电击
比比鸟 → 比雕 － 在EP003中，小智收服的第二只神奇宝贝，在关东地区的旅行中，比比鸟参加了一系列的道馆和联盟的比赛。EP082中，它为了保护常磐森林的波波和比比鸟进化成了比雕，并打败烈雀与大嘴雀群，并离开小智。绝招：烈暴风 、飞沙脚 、啄 、翅膀攻击 、旋风 、电光一闪 、旋转。
绿毛虫 → 铁甲蛹 → 巴大蝴 － 在EP003时，小智之一个收服的神奇宝贝。它喜欢小霞，但小霞却讨厌虫。在阻止火箭队的袭击中，它进化成了铁甲蛹。很快在EP004打败大针锋后进化成了巴大蝴。在EP021中，它与一只粉色的雌性巴大蝴邂逅，并离开了小智。绝招：冲击 、吐丝 、硬梆梆 、睡眠粉 、麻痹粉 、旋风。
妙蛙种子 － 小智在EP010中得到的神奇宝贝，是继皮卡丘后在小智手上最久的神奇宝贝。在不思议花园中，妙蛙种子拒绝了进化。在EP226中，妙蛙种子回到了真新镇成为维持周边神奇宝贝和谐相处的守护者。妙蛙种子获得过草系神奇宝贝锦标大会亚军。之后更曾参加城都联盟和对战开拓区的比赛。顺带一提的是，妙娃种子是唯一曾在芳缘地区出现过的神奇宝贝。绝招：冲击 、寄生种子 、藤鞭 、飞叶快刀 、睡眠粉 、阳光烈焰，挖地洞
小火龙 → 火恐龙 → 喷火龙 － 小火龙本是被另一位训练家抛弃的神奇宝贝，EP011中小智在雨中搭救使得小火龙最终加入了小智的队伍，在 EP042中打败椰蛋树军团后进化为火恐龙。进化后，火恐龙开始有些不听话，在EP045中，为了从化石神奇宝贝中救出小智，火恐龙进化成了喷火龙与化石翼龙战斗。随后喷火龙便不再听从小智，并因此使小智在神奇宝贝联盟石英大会的八分之一决赛时输给了阿弘。在橘子群岛曾经被冰冻，小智的悉心照料终于感动了喷火龙。喷火龙也成为了小智的主力。在EP135中，为了让喷火龙更好的修行，小智将它留在了喷火龙山谷。其后在烟墨道馆快暴龙暴走事件 、城都联盟白银大会 、对战工厂的比赛和对战金字塔的比赛中，喷火龙都有出现，并发挥了重要作用。绝招：喷射火焰 、地球上投 、龙之怒 、旋风 、愤怒 、龙吸 、火箭头槌 、火焰漩涡 、重击 、瞪眼 、燃烧殆尽 、钢之翼。
杰尼龟 － 它本是在枯叶市附近制造麻烦的杰尼龟军团之首，在EP012中被小智收服。以它为首杰尼龟消防队曾经制造过许多麻烦，后来从良成为杰尼龟消防队。在EP148的神奇宝贝消防大赛中，遇上杰尼龟消防队，之后便返回队中。之后曾经回来参加城都联盟和对战开拓区的比赛。绝招：冲击 、水枪 、泡沫光线 、缩壳 、火箭头槌 、水炮。
大钳蟹 → 巨钳蟹 － 小智在EP013收服的第七只神奇宝贝，一收服就被传送回大木博士研究所，个头要比小茂的大钳蟹小得多。在EP076中因打倒多武的椰蛋树进化成为巨钳蟹，与大木博士的感情似乎比小智还要好，可能因为小智比较少用它，只用过三次。绝招：瞪眼 、泡泡 、剪断 、践踏 、破坏死光 、螃蟹拳 、硬梆梆 、水枪
拉达 － EP015中，小智参加了圣安奴号上举办的大会，并将巴大蝴与一个训练家的拉达交换，后来小智又换回巴大蝴。绝招：愤怒门牙。
火爆猴 － EP025，小智遇到它还是一只猴怪，为了追回帽子，小智与它战斗，并收服了它。火爆猴起初并不听从小智的命令。在EP029的P1杯格斗大赛中，小智对火爆猴的救助最终感动了他。后来小智决定让它留下来接受训练，成为真正的P1冠军。绝招：百万吨飞腿 、手刀 、地球上投 、疯狂乱抓 、搔痒 、横冲直撞。
臭臭泥 － 在EP030之前是破坏发电厂的臭泥首领。小智收服它后，经常和大木博士及其他人黏在一起。喜欢压住其他人和神奇宝贝。绝招：泰山压顶 、臭泥炸弹 、拍击。
肯泰罗（30只） － 在EP035中野生原野区收服的神奇宝贝，喜欢快速奔跑。参加过橘子联盟 、城都联盟与对战开拓区的比赛。绝招：角撞 、地震 、猛撞 、地裂 、影分身。
乘龙 － EP085中，小智为了拯救它并使他和家人团聚而收服了它。乘龙帮助小智一行人在橘子群岛间旅行，并参加了道馆赛和橘子联盟胜利者杯的比赛。 EP114中，小智将它送回了家人身边。在城都联盟的旅行中，小智又一次遇到了乘龙，现在已成为乘龙群的队长。绝招：水枪 、急冻光线 、冲浪 、泰山压顶。
卡比兽 － 小智在EP095中收服的大胃王，非常特别，是一只懂得游泳（而且是蝶泳），而且速度亦比同类快的卡比兽。在橘子联盟决赛之前，卡比兽一睡不起，结果小智将它跟一只肯泰罗交换，往后就留在了大木研究所。后来它参加过城都地区的神奇宝贝相扑大会，并获得优胜，结果一下子吃光了奖品一年的食物。后来卡比兽还参加过城都联盟道馆比赛及白银大会和挑战对战开拓区的比赛。绝招：睡觉 、铁头功 、急冻拳 、百万吨拳击 、破坏死光 、冲击 、泰山压顶。
赫拉克罗斯 － 小智在EP120收服的神奇宝贝，喜欢吸食树枝和妙娃种子身上树汁，多次参加道馆赛和联盟比赛，之后在EP147中因为小智要参加肯泰罗对打大赛而被传送回大木博士研究所中。后来还参加对战开拓区的比赛。绝招：角撞 、疯狂攻击 、忍耐 、冲击 、猛撞 、兆幅音频 、闪光。
菊草叶 → 月桂叶 － 在EP127小智收服的神奇宝贝，它喜欢小智，并妒忌皮卡丘总是能够生活在神奇表神奇宝贝球以外。在EP201中逃脱火箭队后进化成了月桂叶。在前往芳缘时小智将它留在了大木研究所。绝招：飞叶快刀 、藤鞭 、泰山压顶 、甜气 、冲击。
火球鼠 － 在EP142中与另一名训练家比赛后，小智收服的火球鼠。刚开始的时候，火球鼠的火焰技能锻炼地并不好。在前往芳缘时小智将它留在了大木研究所。绝招：冲击 、电光一闪 、烟幕 、高速星星 、高速移动 、喷射火焰。
小锯鳄 － 在EP152中，小智与小霞同时扔出了诱饵球收服了一只小锯鳄，小智通过神奇宝贝战斗战胜小霞得到了小锯鳄。它十分喜欢跳舞，而且他的跳舞有助于战斗。在前往丰缘时小智将它留在了大木研究所。绝招：水枪 、鬼脸 、咬咬 、火箭头槌 、铁头功 、劈开。
猫头夜鹰 － 在EP155中收服的神奇宝贝，具有异样的颜色，是罕见的色违神奇宝贝，智商非常高，小智收服它时已经十分吃力。在前往丰缘时小智将它留在了大木研究所。绝招：催眠术 、念力 、冲击 、啄 、看破 、烈暴风。
大针蜂 － EP162中，小智参加了自然公园捕虫大会收服的神奇宝贝，捕虫大会结束后，小智将它送给了奈奈。
金鱼王 － 在EP169小智参加金鱼王钓鱼战斗中临时拥有。
小小象 → 顿甲 － 在EP229的神奇宝贝劲速赛获得优胜后，小智得到了小小象的蛋，它十分喜欢玩耍。前往芳缘地方时，小智将它留在了大木博士的研究所。在对战开拓区的旅行中，小小象又回到了小智的队伍。AG154中为了从火箭队手里救出皮卡丘进化成为顿甲，并成为打败对战设施的重要力量，在前往新奥地区时小智再度将它留在了大木研究所。绝招：滚动 、猛撞 、秘密力量 、破坏死光 、地震 、防卫卷。
麻燕（傲骨燕） → 大王燕 － 原先是傲骨燕群的首领，AG004中偷走小智一行人的食物并与小智战斗，最终被小智收服。在AG080的神奇圆环比赛中进化成大王燕并取得优胜，在前往新奥地区时小智将它留在了大木研究所。绝招：啄 、回转攻 、翅膀攻击 、电光一闪 、影分身，电光火石
草青蛙（木守宫）→ 森林蜥蜴 → 蜥蜴王 － 原先是巨大树上生活的一群木守宫之一，AG007中小智与它一同保护巨大树并与它战斗，后来将它收服。它有些叛逆，且总是嘴里叼着一个树枝。在AG066与吼爆弹的战斗中它进化成为森林蜥蜴。进化后它喜欢独自静静地坐在一个地方。AG160中保护喜爱的大菊花时进化成为蜥蜴王，而后丧失了一切技能。在恢复后，蜥蜴王变得十分强大，在前往新奥地区时小智将它留在了大木研究所。绝招：拍击 、电光一闪 、种子机关枪 、叩打 、刀叶 、阳光烈焰。
龙虾小兵 － AG032中以海边的捣蛋鬼登场，在小智发现并与之战斗后收服了它。龙虾小兵很有个性，并有一点嫉妒之心，在前往新奥地区时小智将它留在了大木研究所。绝招：螃蟹拳 、泡沫光线 、泡泡 、硬梆梆 、挖地洞 、剪断。
煤炭龟 － 在AG058中，煤炭龟被一群钢系神奇宝贝袭击，小智指导他打败了钢系神奇宝贝。煤炭龟无论是高兴还是悲伤总喜欢大哭。在AG132中小智将它留在了大木博士的研究所。绝招：喷射火焰 、铁壁 、重击 、泰山压顶 、燃烧殆尽。
雪童子 → 冰鬼护 － 在AG108中，伊扎贝岛的一只雪童子偷走了小智的徽章盒，在暴风雪中小智拼命保护雪童子，后来加入了小智的队伍。小智不断训练它急冻光线，在AG122的一次训练成功后，它进化成为冰鬼护。在AG132中，小智将它留在了大木博士的研究所休息。绝招：冰结之风 、急冻光线 、
1 皮卡丘--小智旅行时，由于迟到没能得到梦寐以求的小火龙 、妙蛙种子与杰尼龟其一，大木交给他一只调皮的皮卡丘，皮卡丘起初与小智并不友好，在与烈雀的战斗中和小智建立了坚不可摧的友情。在皮卡丘离开小智的时候，它就负责起照看其他神奇宝贝的任务。
皮卡丘绝招：电击 、十万伏特 、打雷 、电光一闪
2比比鸟--小智在常磐森林里收服的神奇宝贝（之一部的第三集）。在关东地区的旅行中，比比鸟参加了一系列的道馆和联盟的比赛。
第82集中，它为了保护常磐森林的波波和比比鸟进化成了比雕，并打败烈雀与大嘴雀群，并离开小智。
比比鸟绝招：烈暴风 、飞沙脚 、啄 、翅膀攻击 、旋风 、电光一闪 、旋转
3绿毛虫 → 铁甲蛹 → 巴大蝴-- 小智之一个收服的神奇宝贝。在第21集中，它与一只粉色的雌性巴大蝴邂逅，并离开了小智。
绿毛虫绝招：冲击 、吐丝
铁甲蛹绝招：硬梆梆
巴大蝴绝招：睡眠粉 、麻痹粉 、旋风
4 、妙蛙种子 － 是继皮卡丘后在小智手上最久的神奇宝贝。在不思议花园中，妙蛙种子拒绝了进化。在第226集中，妙蛙种子回到了真新镇成为维持周边神奇宝贝和谐相处的守护者。妙蛙种子获得过草系神奇宝贝锦标大会亚军。之后更曾参加城都联盟和对战开拓区的比赛。顺带一提的是，妙娃种子是唯一曾在芳缘地区出现过的神奇宝贝。
妙蛙种子绝招：冲击 、寄生种子 、藤鞭 、飞叶快刀 、睡眠粉 、阳光烈焰，挖地洞
5 、小火龙 → 火恐龙 → 喷火龙 小火龙本是被另一位训练家抛弃的神奇宝贝，后来小智在雨中搭救使得小火龙最终加入了小智的队伍，在第42集中打败椰蛋树军团后进化为火恐龙。进化后，火恐龙开始有些不听话，在第45集中，为了从化石神奇宝贝中救出小智，火恐龙进化成了喷火龙与化石翼龙战斗。随后喷火龙便不再听从小智，并因此使小智在神奇宝贝联盟石英大会的八分之一决赛时输给了阿弘。在橘子群岛曾经被冰冻，小智的悉心照料终于感动了喷火龙。喷火龙也成为了小智的主力。在第135集中，为了让喷火龙更好的修行，小智将它留在了喷火龙山谷。后来在烟墨道馆快暴龙暴走事件 、城都联盟白银大会 、对战工厂的比赛和对战金字塔的比赛中，喷火龙都有出现，并发挥了重要作用。
小火龙 → 火恐龙 → 喷火龙 绝招：喷射火焰 、地球上投 、龙之怒 、旋风 、愤怒 、龙吸 、火箭头槌 、火焰漩涡 、重击 、瞪眼 、燃烧殆尽 、钢之翼。
6 、杰尼龟 － 它本是在枯叶市附近制造麻烦的杰尼龟军团之首，在之一部第12集中被小智收服，在第148集从良成为杰尼龟消防队。 在城都联盟篇和对战开拓区篇，杰尼龟再次归队，参加城都联盟和对战开拓区的比赛。
杰尼龟绝招：冲击 、水枪 、缩壳 、水炮
7大钳蟹 → 巨钳蟹 － 小智在第13集收服的第七只神奇宝贝，一收服就被传送回大木博士研究所，个头要比小茂的大钳蟹小得多。在第76集中因打倒多武的椰蛋树进化成为巨钳蟹。
大钳蟹 → 巨钳蟹绝招：瞪眼 、泡泡 、剪断 、践踏 、破坏死光 、螃蟹拳 、硬梆梆 、水枪
8火爆猴 － 第25集中，小智遇到它还是一只猴怪，为了追回帽子，小智与它战斗，并收服了它。火爆猴起初并不听从小智的命令。在第29集的P1杯格斗大赛中，小智对火爆猴的救助最终感动了他。后来小智决定让它留下来接受训练，成为真正的P1冠军。
火爆猴绝招：百万吨飞腿 、手刀 、地球上投 、疯狂乱抓 、搔痒 、横冲直撞。
9臭臭泥 － 在第30集之前是破坏发电厂的臭泥首领。小智收服它后，经常和大木博士及其他人黏在一起。喜欢压住其他人和神奇宝贝。
臭臭泥绝招：泰山压顶 、臭泥炸 、拍击
10 、肯泰罗（30只） － 在第35集中野生原野区收服的神奇宝贝，喜欢快速奔跑。参加过橘子联盟 、城都联盟与对战开拓区的比赛。
肯泰罗绝招：角撞 、地震 、猛撞 、地裂
NO.2 橘子群岛橘子联盟篇
11 、乘龙--第85集中，小智为了拯救它并使他和家人团聚而收服了它。乘龙帮助小智一行人在橘子群岛间旅行，并参加了道馆赛和橘子联盟胜利者杯的比赛。 第114集中，小智将它送回了家人身边。在城都联盟的旅行中，小智又一次遇到了乘龙，现在已成为乘龙群的队长。
乘龙绝招：水枪 、急冻光线 、冲浪 、泰山压顶
12 、卡比兽 － 小智在第95集中收服的大胃王，是一只懂得游泳（而且是蝶泳），而且速度亦比同类快的卡比兽。在橘子联盟决赛之前，卡比兽一睡不起，结果小智将它跟一只肯泰罗交换，往后就留在了大木研究所。后来它参加过城都地区的神奇宝贝相扑大会，并获得优胜，结果一下子吃光了奖品一年的食物。后来卡比兽还参加过城都联盟道馆比赛及白银大会和挑战对战开拓区的比赛。
卡比兽绝招：铁头功 、急冻拳 、百万吨拳击 、破坏死光 、冲击 、泰山压顶
NO.3都地区城都联盟篇
13 、赫拉克罗斯 － 小智在第120集收服的神奇宝贝，喜欢吸食树枝和妙娃种子身上树汁，多次参加道馆赛和联盟比赛。在第147集中因为小智要参加肯泰罗对打大赛而被传送回大木博士研究所中。后来，赫拉克罗斯还参加对战开拓区的比赛。
赫拉克罗斯绝招--疯狂攻击 、忍耐 、冲击 、猛撞 、兆幅音频
14 、菊草叶 → 月桂叶 － 在第127集小智收服的神奇宝贝，它喜欢小智，并妒忌皮卡丘总是能够生活在神奇表神奇宝贝球以外。在第201集中，逃脱火箭队后进化成了月桂叶。在前往芳缘时小智将它留在了大木研究所。
菊草叶 → 月桂叶绝招：飞叶快刀 、藤鞭 、泰山压顶 、甜气 、冲击
15 、火球鼠 － 在第142集中与另一名训练家比赛后，小智收服的火球鼠。刚开始的时候，火球鼠的火焰技能锻炼地并不好。在前往芳缘时小智将它留在了大木研究所。
火球鼠绝招：冲击 、电光一闪 、烟幕 、高速星星 、高速移动 、喷射火焰。
16 、小锯鳄 － 在第152集中，小智与小霞同时扔出了诱饵球收服了一只小锯鳄，小智通过神奇宝贝战斗战胜小霞得到了小锯鳄。它十分喜欢跳舞，而且他的跳舞有助于战斗。在前往丰缘时小智将它留在了大木研究所。
小锯鳄绝招：水枪 、鬼脸 、咬咬 、火箭头槌 、劈开。
17 、猫头夜鹰 --第155集中收服的神奇宝贝，具有异样的颜色，是罕见的色违神奇宝贝，智商非常高，小智收服它时已经十分吃力。在前往丰缘时小智将它留在了大木研究所。
猫头夜鹰绝招：催眠术 、念力 、冲击 、啄来攻击 、烈暴风。
18 、小小象 → 顿甲 --第229集的神奇宝贝劲速赛获得优胜后，小智得到了小小象的蛋，它十分喜欢玩耍。前往芳缘地方时，小智将它留在了大木博士的研究所。在对战开拓区的旅行中，小小象又回到了小智的队伍。第二部第153集中为了从火箭队手里救出皮卡丘进化成为顿甲，并成为打败对战设施的重要力量，在前往新奥地区时小智再度将它留在了大木研究所。
小小象 → 顿甲绝招：滚动 、猛撞 、秘密力量 、破坏死光 、地震 、防卫卷
我的补充（一）
2 、傲骨燕→ 大王燕原先是傲骨燕群的首领，第二部第4集中偷走小智一行人的食物并与小智战斗，最终被小智收服。第80集中，神奇圆环比赛中进化成大王燕并取得优胜，在前往新奥地区时小智将它留在了大木研究所。
傲骨燕→ 大王燕绝招：啄 、回转攻 、翅膀攻击 、电光一闪 、电光火石
3 、木守宫→ 森林蜥蜴 → 蜥蜴王 － 原先是巨大树上生活的一群木守宫之一，第7集中小智与它一同保护巨大树并与它战斗，后来将它收服。在第66集与吼爆弹的战斗中它进化成为森林蜥蜴。进化后它喜欢独自静静地坐在一个地方。第160集中保护喜爱的大菊花时进化成为蜥蜴王，而后丧失了一切技能。在恢复后，蜥蜴王变得十分强大，在前往新奥地区时小智将它留在了大木研究所。
木守宫→ 森林蜥蜴 → 蜥蜴王绝招：拍击 、电光一闪 、种子机关枪 、叩打 、刀叶 、阳光烈焰。
4 、龙虾小兵 － 第32集中以海边的捣蛋鬼登场，在小智发现并与之战斗后收服了它。龙虾小兵很有个性，并有一点嫉妒之心，在前往新奥地区时小智将它留在了大木研究所。
龙虾小兵绝招：泡沫光线 、泡泡 、硬梆梆 、挖地洞 、剪断。
5 、煤炭龟 － 在第58集中，煤炭龟被一群钢系神奇宝贝袭击，小智指导他打败了钢系神奇宝贝。煤炭龟无论是高兴还是悲伤总喜欢大哭。在第132集中小智将它留在了大木博士的研究所。
煤炭龟绝招：喷射火焰 、铁壁 、重击 、泰山压顶 、燃烧殆尽。
6 、雪童子 → 冰鬼护 － 在第108集中，伊扎贝岛的一只雪童子偷走了小智的徽章盒，在暴风雪中小智拼命保护雪童子，后来加入了小智的队伍。小智不断训练它急冻光线，在第122集的一次训练成功后，它进化成为冰鬼护。在第132中，小智将它留在了大木博士的研究所休息。绝招：冰结之风 、急冻光线 、影分身 、铁头功 、细雪。
NO.2关都地区对战开拓区
7 、长尾怪手 － 在178集中偷走了小智的帽子与小遥的缎带纪念勋章盒，后来上演了多次恶作剧。在第181集中被小智收服。在第191中，它决定跟随小智去神奥地方。在第三部第55集中，由于喜欢华丽大赛而和喜欢神奇宝贝对战的叉尾浮鼬进行交换，给了小光。
长尾怪手绝招：迅星 、气合拳 、影子分身 、集中猛击 、双重攻击
我的补充（二）
3 、姆克儿→姆克鸟--第2集中首度出现，在寻找皮卡丘的时候，长尾怪手意外伤害了一只姆克儿，因此愤怒的胖胖翁袭击了长尾猴。被小智收服后，它也加入了寻找皮卡丘的行列。 第13集中，姆克儿保护了森林中的飞行神奇宝贝，进化成了姆克鸟。
姆克儿→姆克鸟绝招：电光一闪，燕返，烈暴风，翅膀攻击
4 、草苗龟--一开始皮卡丘被火箭队给抓走了，小智在追赶途中不慎出现意外.而一只草苗龟救了皮卡丘. 另一面，小智被雪野救了，从她口中知道了嫩苗龟的事情，觉得这只嫩苗龟可爱与实力并存，皮卡丘回来的时候，小智在雪野的提议下收服了草苗龟。
草苗龟绝招：啃咬，光合作用，撞击，飞叶快刀，能量球
5 、小火焰猴-原本是真嗣的神奇宝贝。在第50集中，小智和真嗣建立起搭档关系分别使用皮卡丘和小火猴参加双人合作赛大会。在第51集中，小智和真嗣晋级了半决赛，可是，小火猴的战斗状态却怎么也调整不好，面对这种状况，真嗣竟然将小火猴放生！见此状况，目睹了一切的小智说着『一起旅行变强吧』，将小火猴收服了。在第52集的总决赛，小智用小火猴参赛并获胜，得到安逸铃铛。
小火焰猴绝招：火花 、火焰车 、喷射火焰 、挖洞 、搔痒
6 、泳气鼬－ 在第34集中，小智一行人去河边钓鱼，碰到专门通过战斗抢走钓竿的泳气鼬，后被小光收服。在第55集中，由于喜欢小精灵对战而和喜欢华丽大赛的长尾怪手进行交换，给了小智。
泳气鼬绝招：音速波 、水流喷射 、水枪 、水之波动
7 、天蝎--在64集中，因为喜欢小智所以跟小智一起去旅行。性格：超级贪吃，多次都因为贪吃而落在队伍的最后面，而且每次飞不好都一定摔到小智身上，不过有时它的落后还挺有用的。第70集中首次知道其招式。
天蝎绝招：扬沙 、钢翼 、十字斩
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主线剧情：
“喂，小孩，小心草丛！”这个声音的主人是大木博士。
正当少年R要独自出村，博士把他叫住了，并告知草丛里栖息着着野生的精灵，除非上边带着自己的精灵，不然会很危险……然后将少年带到了他的研究所。
故事就这么拉开了序幕，玩家所扮演的角色就是名叫R的少年（当然你也可以自己取名字），住在真新镇（マサラ）。随着博士到达研究所，同时遇上了博士的孙子，名字叫小茂的少年（当然也可以自己取名字，就起你的仇人的名字吧）。博士让你在他所拥有的三只精灵中任选一只相赠（三只精灵分别为：小火龙 、杰尼龟 、和妙蛙种子，均能有两次进化），选个你喜欢的吧。挑好后，小茂也选了一只（在属性上克你的），并向我提出挑战。作为开盘战，不是很难，就当先试试战斗系统吧。而后他离开，但这只是开场白，以后他有的烦你了。
辞别了博士，可以离镇了。果然如博士所言，草丛里确实藏有不少精灵，好好练一下级吧。很快便来到了常磐市（トキヮ），在商店里，从店主手里得到邮件。连忙赶回研究所将它交给博士，博士就会给你图鉴，于是菜单中多出一项图鉴，这意味着可以开始着手收集精灵的工作了。顺便再去一趟邻居小茂的家，拿到小镇地图（注意：此时不拿的话，以后就再不能拿了），可以正式出发了。
一路向北行进，一间大屋挡住了去路，只有通过常青森林才能找到出路。在森林里会首次遇上精灵训练师这种身份的人，而与之交战是可以得到经验值和金钱，而且精灵通过获取经验值才能升级和进化，所以千万不要错过。另外，这个森林有皮卡丘，喜欢的朋友就更不能错过哦^_^
走出了森林，发现已来到了日比市（ニビ）。这里建有一座博物馆，只要花50元就可以进去大开眼界一番。另外还有一间屋子标有GYM的记号，这就是道馆（道馆地图如图）。这里是训练家小刚，进去打败他，得到徽章的同时还得到34号技能机以示鼓励。之后和这个人（如图）说话，会给你跑鞋（按B可快跑）。此时市右的道路可以通行了，来到观月山下。洞门口有一间PC内会遇上一个卖鲤鱼王的，虽然以后可以通过其他 *** 得到，但人养的要比野生的长得快，但要多花500元，这是传说中的鲤鱼王，当前素质极差，攻击力不过10，但至20级后进化为暴鲤龙，攻击力非常强。
来至洞内，一方面战斗，一方面前进，虽有点累但收获不小。途中所得各宝物中有一个名为月之石的道具，能使某些精灵立即进化。在打败这里的考古学家后，他会让你从他身后两块古代物种化石（左面是镰刀盔，右面是菊石兽）中选一块。出了山洞，便是华蓝市（ハナダ）。不出所料，第二位首领小霞在此，上门去好好请教一番吧，打败后得到蓝色徽章（道馆地图如图）。市里开有一间自行车商店，不过绝对是买不起的，自行车得到的 *** 下文有述。沿着华蓝市一路北上，遇到了久违的小茂，不免又要“大动干戈”一番。这一路上还有许多训练师，打败他们后可以得到不少的经验值。过桥后来到海角的小屋（みさきのこゃ），见到了变成成怪物模样的正辉（マサキ）。交谈中得知他已造好一架机器来使他恢复人形。答应帮助他后（在电脑上按一下A），正辉成功地恢复人形走了出来。为表感谢，他送给你一张船票（很重要的道具），离开后回到华蓝市（ハナダ），发现右面屋门口的警卫让开了路，进去一看，屋内是一片狼籍。询问了主人后得知有一人来捣乱，而且又打破了墙逃走了。穿过那个墙洞，在屋后发现了一个形迹可疑的人，未谈几句就露出了真面目，于是教训了他，并从他身上“搜”出了28号技能机器。 一路往南看到了两间屋子，不过通往黄金市（ャマブキ）的路已被封锁，只能向下走，途经一饲育屋，里面有人帮你照顾精灵，但是不能繁殖……穿过右面的隧道，再经过一大片草地，到达枯叶村（クチバ）。村里某间屋内可得到对换券（ひきかぇけん），若回到华蓝市，向自行车店老板出示的话，会得到一部崭新的自行车，这样走路就省力多了。而村里另一间屋内则会得到钓杆，作用不用多说，使用 *** 则是现对水域使用道具“钓杆”。村里有一个港口，这下船票可以派上用场了。出示船票后来到一条豪华的游船上。船舱内的旅客有相当数量是精灵训练师，小心应付。如精灵的体力不足，可在入口右边数起第二个房间里恢复体力，另外在厨房的垃圾筒里可以找到三颗果实。在船长室门前的通道内再次碰到小茂，战斗结束后再去找船长。耐心听完他一番话后，很高兴地把他珍藏已久的01号秘传机器（切树）交给我。离开船上岸，船起航了。将此秘传机器给精灵装备上，便拥有了切树的能力。还记得村里有间GYM屋么，现在可以进去了。调查里面的垃圾筒，连续两个不同声音，就能把门的开关打开。这里的首领是用雷电系的精灵，打败他就得到徽章（道馆地图如图）。由于拥有切树能力，可去的地方很多。先去村右的地鼠山洞（ディグダのあな），穿过山洞发现有一小屋，若目前精灵图鉴拥有种类已达10种，便可从屋内人处得到05号密传机器（闪光）。再回到华蓝市，往右走，一路经过9号，10号路来到岩间隧道（イワャマトンネル）。洞内一片漆黑，那就来光吧。使用闪光，果然一片光明，视野也开阔多了，略费周折就可以出洞，到了紫苑镇。村民为悼念亡灵建造了一座ポケモン塔，现在由于无法使阻路的精灵现形，所以建议先不要急着上去。 从西面离开紫苑镇，在8号路发现了另一条地道（ちかつぅろ），并且通往玉虫市（タマムシ）。沿地道到达该市，此处有一间百货公司，可以购得许多重要道具，切记到楼顶去买饮料！三种都买，然后跟顶楼的人讲话，就会给你三不同的种技能机。另外注意一下百货大楼旁边的大厦，这栋大厦有后门，走后门进去到顶层可拿到NO.133伊布，使用水之石，雷之石，炎之石可以分别进化成三种精灵。拿到伊布后，再从前门进去，和里面的一位老奶奶对话，她就会给你一杯茶（非拿不可，否则剧情无法进行）。在PC下方的一间餐店，进去后和一个客人对话可以得到硬币盒，用于存放游戏代币，才可以到游戏中心玩小游戏。进入游戏中心，在柜台旁看到一名正在看墙上的画的精灵训练师。过去和他对话，就会发生战斗，打败他，他会逃跑。调查墙上那幅画，发现是个隐密的机关，开动后出现了一条通往地下的阶梯。顺着阶梯而下，打败多位训练师，最后在地下4层打败一位精灵训练师后再仔细盘问他，会乖乖地交出一把电梯钥匙（ェレベ—タのカギ）。来到电梯内，选择目的地地下4楼，出来后打败门卫，就见到了头目。一番较量之后，他会交出透视眼镜（シルフスコ—プ）。从秘密基地出来后，到GYM去挑战第4位首领吧（道馆地图如图）。这里的训练师用草系精灵，打败首领后得到徽章。之后赶快回紫苑镇，上精灵塔（ポケモン），在塔2楼又遇到了你的对手小茂，他又向你挑战……五楼有个可让精灵恢复体力的地方， 由于有了透视眼镜，楼顶的那个神秘的精灵就无所遁形，原来是嘎拉嘎拉（Lv30）。打败它之后救出一老人，与其交谈后回到他家中，为了答谢，会给你笛子（ポケモンのふえ），可唤醒沉睡的NO.143卡比兽（只有两只）。不过笛子也可以在精灵战斗中被催眠时使用，可唤醒它们。 离开紫苑镇向南走，一只贪睡的卡比兽躺在地上挡住去路，用笛子去吹醒它，这下它醒了，可也生气了，免不了乱斗一阵，顺便也收复它吧。
之后在路上一小屋内又得到一支好钓杆（すごぃっりざわ），比以前那把好用多了。一路来到石竹市（セキチク），第5位首领在此“恭侯多时”了。另外在GYM屋内有一个看不见的结界，只有沿紧靠右墙的路从他背后绕过去才能与之交战（道馆地图如图，已把看不见的墙标出）。如果拥有的ポケモン数量已达50种，则可去市外屋内二楼，会得到一宝物学习装置（かくしゅうそうち）。另外这里有狩猎场，花500块钱买入30个狩猎球（サファリボ－ル）去狩猎吧（600步限制）。这里的怪物都不错，值得一提的是水池里的迷你龙（ミニリェウ）别看现在弱得像“傻瓜”，待两次进化后包管你大吃一惊，绝对值得培养。还有不少其他精灵，是别处绝对没有的，用心捕捉，捕捉时共4项指令，其中エサ是喂饵，ぃし是拿石头砸，对不同怪物必须采取不同手段才能顺利捕到（例如迷你龙就得先喂一次饵再捕捉，包管手到擒来）。在狩猎区内找到一副金假牙（きんのぃれぼ），出来后把他交给PC右侧屋内的老爷爷，他会很感激地把04号秘传机器（かぃりき）交给你（作用：推动巨石），另外还能在狩猎场里拿到03号秘传机器（なみのり：冲浪）。在拿秘传机器04的屋子旁边那个屋子，可得到超级钓竿。
打败这里的道馆首领后回到玉虫市，往左走，唤醒卡比兽，将上方的树斩了，到左上角屋内可得02号密传机器（そらをとぶ），只有飞行系能装备（能去曾经去过的城市）。另外如果有30种PM，在此关卡2楼，可以得到守卫饭（战斗后得到多一些金钱）。往右出市，经过关卡，警卫说口渴想喝茶，于是将茶（从老奶奶手中得到的）交给警卫，这下他放行了，于是来到黄金市。和人们的谈话得知，这个城市已经被火箭队占领……市里有一座高11层的大厦，那里就是火箭队的基地。这幢大厦有很多传送装置，还有紧闭的门。利用那些传送装置，在5楼会找可以打开那些门到钥匙卡（カ－ドキ－）。在9楼左下方有个人会帮精灵恢复体力，这样就不用跑去PC屋了。最后在3楼的一个传送点，传送到7楼，再次与小茂交手，之后和旁边一个人对话，得到乘龙（Lv25）。再经过一个传送点，在楼顶见到火箭队的头目并与之交手，之后与屋内人交谈，可得大师球（マスタボ—ル）。出了大厦，第6个GYM门前已无人阻挡，这个道馆的首领用的是超能系，打败她同样得到徽章（道馆地图如图）。在GYM旁边还有另一间道馆，不过是假冒的，若有兴趣打败里面的首领，可以在两个格斗系的口袋妖怪中任选一个，左边是沙瓦郎，右边是艾比郎。
再次回到石竹市，从市南下水，一直游到双子岛，穿过岛上山洞。洞内机关须用精灵能力推动岩石（装备秘传机器04），使之落到最下层，等到2块都落下并阻住水流，就可以出洞了。另外洞内最深处还有一只急冻鸟，动一番脑筋争取捉到它！从山洞出来，继续往左游至红莲岛，第7位首领就在此。岛内的研究所，可将以前获得的化石（カセキ）或琥珀（コハク）交给一位科学家，他就会通过一系列高科技技术提取细胞培育出已经绝种的精灵，其中化石培育出的可进化。这里的GYM屋被锁上了，还是先去屋左的楼内找钥匙吧。那些雕像是用来控制门的开关的，反复摆弄，终于把钥匙弄到手了，可以进GYM屋了（道馆地图如图）。打败首领卡拉，得到徽章。刚迈出道馆大门，就被一个人叫住，然后被带到一艘船上，来到一个小岛（橘子群岛）。下转支线剧情攻略。
现在只剩下常磐道馆了，就回常磐市吧。现在可以有两个选择，一是从红莲岛出发，往北走水路回真新镇，再到常磐市；二是直接用飞行秘籍回去。至于哪个，随便选择。回到常磐市，进去GYM屋，首领就是火箭队的头目！不过这次他及其属下的实力确有提高，不可掉以轻心（道馆地图如图，未标出首领）。打败后别忘了再次交谈，而后他就……消失了？！
至此，已经打败了全部八位首领，但还不算完。从常磐市出发向西北方的精灵联盟（セカエイ）走，路上会遇上对手小茂，但他现在已不是我的对手了，轻松解决，嘻嘻。
到达宫殿后，向各卫兵依次亮出自己苦心战斗才获得的各枚徽章之后来到迷宫内。机关同样要推动岩石压住才行。出了迷宫，终于到达精灵联盟，在PC屋恢复体力之后，向四天王进军吧！注意，一旦踏进大门，就不能出来恢复体力了，所以建议多带一些恢复药之类的，当然，等级够高的话是不成问题的。不过如果你没有50级以上的实力，就关机重来吧，好好练级，等到实力大增，再去挑战。打败四天王后，就要和小茂进行最后一场冠军争夺战了。经过一阵天昏地暗的拼杀，终于打败了小茂。这时大木博士赶来，宣布我成为了新的冠军，并带我进入口袋殿堂，记录我所使用的精灵，之后就是大结局。
精灵联盟训练家列表：
天王1
lv52 白海狮
lv52 呆河马
lv54 乘龙
lv54 迷唇姐
lv51 铁甲贝
天王2
lv51 大岩蛇
lv53 艾比郎
lv56 怪力
lv53 沙瓦郎
lv54 大岩蛇
天王3
lv54 耿鬼
lv54 大嘴蝠
lv56 阿柏怪
lv58 耿鬼
lv53 鬼斯通
天王4
lv56 暴鲤龙
lv58化石翼龙
lv54 哈克龙
lv54 哈克龙
lv60 快龙
小茂
lv59 比雕
lv59铁甲暴龙
lv57 胡地
lv61 ？
lv59 ？
lv63 ？
后三只精灵会因应我方开始选择的精灵而出现影响
开始选：
a.小火龙 b.杰尼龟 c.妙娃种子 的话，小茂后三只就会分别对应是：
a.风速狗，椰蛋树，水箭龟
b.暴鲤龙，风速犬，妙娃花
c.椰蛋树，暴鲤龙，喷火龙
前三只则不变
支线剧情（新增剧情）：
打败第7个道馆的首领后，出道馆时会有一个人叫住你，要带你去一个岛屿……选定是后，他就会带你上船，然后去一个岛屿（记得带上会冲浪的精灵）。下船后来到PC屋里被告知岛上的电力出现问题，需要两块宝石来修复，所以现在是不能使用电脑的。
1号岛：在北部看见一个山洞，洞内有温泉，泡温泉可以恢复精灵的体力，而且上面的那个老爷爷还会给你6号秘传机器（碎石）。出来后继续往北走，发现一座山。走到山顶，出乎意料，山顶居然有一只火焰鸟（Lv50）！收复它然后回到1号岛的 PC恢复，接着坐船到2号岛。
2号岛：到了2号岛，发现一座特殊的房子（如图），进去之后有事件发生，主人家的小孩去3号岛采集至今未归家所以请求你帮助寻找。在这所特殊的房子左边的那个房子里，可以让精灵学习以前的招式，条件是两个小香菇，一个大香菇（可以从派拉斯身上获得），就和以前心灵鳞片一样。另外这个小岛的山顶上有个人可以教给精灵三种厉害的招式，别错过（只有主角精灵能学）。然后再坐船去3号岛。
3号岛：到了3号岛，看到单车党，单车党与居民发生冲突，后来与单车党交手。解决他们之后，居民为了答谢，送给我礼物！再往西北边走，看见一片树林，在树林里找到了小女孩，突然这时有一只Lv30的素利普跳了出来，打败它之后救出小女孩。把小女孩送回她家。他爸爸为表感谢，送了件礼物给我！再回到1号岛的大型PC里最后被人送回了红莲岛。
通关一遍，抓住超过60种精灵，然后去博士那里升级成386版图鉴，之后到港口坐船去之一个小岛的火焰山，右边有两个火箭队队员，打败他们进入山洞，在山洞中要使用秘传机04怪力推石头后才能到达深处，得到红宝石。回去在1号岛的PC把宝石给博士（如图），便得到船票，之后可以坐船去7个岛。
4号岛：在4号岛一下船就会遇见对手小茂，但说了几句就跑了……值得注意的是，在这个小岛可以养精灵（如图）^_^然后到商店旁边的屋子和里面的人对话，再用冲浪过右面的一个小湖，来到一个冰洞。注意，洞内有些地方需要踩冰，踩两次就会掉到下一层。另外还有滑冰，要利用冰块上的石头转换方向。洞里可以拿到秘传机器07（登瀑布），有个地方要使用登瀑布进去，之后可以遇见四天王之一—冰天王，旁边还有火箭队的人，与其谈话后会发生战斗，赢后会告诉你口令。得到冰天王的感谢后回到坐船那里，出发去5号岛。
5号岛：到达5号岛之后到左上方那里使用冲浪，下水后往左走，登陆之后和如图这个阿伯对话，他会给你一颗蛋（孵化出No.175波克比）。继续前进会到达一个小岛，上面有山洞，洞里边墙四面有洞，是个迷宫，迷宫可以拿5样东西！走法如下（每次都要回到门口才行）：
第1个道具：右-下
第2个道具：右-上-下-上
第3个道具：右-上-下-下-右-右
第4个道具：右-上-下-下-右-左-下-左
第5个道具：右-上-下-下-右-左-下-右-上
走到第5个时会遇到一个女孩，然后把你带回家，发生谈话。之后来到如图地方，和这个人说话，别忘记拿走下面的道具。然后回到岛上坐船去6号岛。
6号岛：到了6号岛，进入PC，就看见小茂。和岛上的人谈话得知，在小岛南面有一扇门无法打开，于是就来到门前。调查那扇门，会出现象形文字（如图），经过研究，知道可以用斩树使门打开。进门后，在最深处找到一块蓝宝石，这时候火箭队一研究员冲过来，把它抢走了……
为了追踪蓝宝石，于是返回5号岛。这时候就可以进入火箭队的研究所（如图），打败研究员后就可以夺回蓝宝石。过后带着蓝宝石回到1号岛的PC屋，将之交给博士。博士就会把通讯机器修理好，现在就可以和宝石版以及NGC的竞技场通讯了……剧情进行到这里，就可以进入超梦山洞了，不过先别着急，还是先坐船到7号岛。
7号岛：到达之后往上走，用冲浪，再往上走，上岸之后来到战斗塔。打过4层之后到顶和这个人对话，中途可以回到1层加血。南面的遗迹里可以捉到No.201安侬。
最后回到华蓝市，在左边山洞口挡路的人已经让开了，进入最深处捕捉超梦吧，有Lv70哦^_^
要到8 、9号岛，一定需要神秘船票。或者输入金手指代码02031CF0：3a02，9号岛的；02031CF0：0002，8号岛的。两条金手指分别输入，切记，到达后一定要关闭金手指！
8号岛：这个小岛上有个山洞，沿着山洞的路进去，直到看到一分岔口。往左走，上楼梯，就可以看到一只凤凰（Lv70）；往右走，下楼梯，就可以看到一只洛奇亚（Lv70）。
9号岛：这个小岛除了一个谜题之外就没有任何东西了。你需要做的就是调查那个三角形样的东西，直到它变成红色，这个过程需要最短路程完成，否则就要重新开始。只要你走过去，碰最靠近你的那一边，就可以很容易地完成。当它变成红色的时候，小岛就会摇晃，No.386就会出现，收复它吧^_^
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